Seit dem ersten Auftauchen der Digimon in der realen Welt sind nun 9 Jahre vergangen.
Die Digiwelt hat sich nach dem letzten großen Kampf der Digi-Krieger wieder einigermaßen erholt und die Kinder, die damals die Digiwelt bereist hatten, gingen wieder ihren Leben in der realen Welt nach, jedoch nicht ohne ihre Abenteuer vergessen zu haben. Wir schreiben das Jahr 2005 in der realen Welt, als Gennai bei der Überprüfung eines Datenstroms eine merkwürdige Veränderung daran auffällt. Als er ziellos mehrere Gebiete überprüft, fällt ihm auf, dass die Datenmauern, die die einzelnen Schichten der Digiwelt voneinander trennen, und auch die Mauer zur realen Welt merkwürdige Löcher und Risse bekommen haben und sich an einigen Stellen dabei sind aufzulösen. Obwohl er die genaue Ursache noch nicht gefunden hat, ist er alarmiert und schickt deshalb eine Nachricht an alle Digiritter. Explosionsartig geht eine Flutwelle an Digilichtern durch die reale Welt, was die Tore weltweit aufgehen lässt.

Was er jedoch nicht bedacht hat, war, dass durch die Wiederherstellung der Welt wie sie in Urzeiten war, nun die Generationen der Digiritter mit ihren unterschiedlichsten Erlebnissen und Fähigkeiten aufeinander treffen. Als ihm klar wird, was das bedeutet, ist er gleichzeitig erleichtert, denn er hat mittlerweile herausgefunden, dass irgendwo in den Tiefen der Zwischenschichten sich eine Mutation von Diaboromon und D-Reaper gebildet hat, der die Digiwelt jetzt zu terrorisieren scheint.
Aber was kann der Virus? Wie werden sich die verschiedenen Digiritter untereinander Zusammenfinden und wie werden sie sich koordinieren? Oder wird das ganze in einem Streit um die Anführerposition und verhärteten Fronten enden? Auch die bösartigen Digimon sehen ihre Chance sich an den Kindern zu rächen. Doch auch sie scheinen nicht als Einheit zu handeln, denn auch sie streiten um die Anführerposition, während sich der Virus weiter durch die Digiwelt frisst.

Nun, da die Tore weltweit offen stehen, gelangen immer mehr bösartige sowie gute Digimon in die Welt der Menschen und stürzen alles in großes Chaos.
Medien berichten nur noch über Aliens, welche ausgesandt wurden um die Menscheit zu vernichten und Wissenschaftler streiten sich über die Theorien, wie die Aliens auf die Welt kamen und was ihre wirklichen Absichten sind.
Städte werden vollkommen zerstört und Menschenmassen fliehen vor all den Gefahren in die USA, aber auch zum Nord- sowie Südpol, denn dort, so die Medien und Wissenschaftler, sein man nur sicher.

Was sie alle nicht ahnen ist, dass sich ein neuer Digimonkaiser einen Namen in der Digiwelt macht. Er und die alten Feinde der Kinder wollen Rache. Sie alle suchen Verbündete, um die Digiritter zu vernichten und die Digiwelt zu beherrschen. Der Digimonkaiser ist noch unbekannt, doch wird es besonders für einen Digiritter ein gewaltiger Schock sein, denn es ist niemand anderes als Kens Bruder Sammy, dessen Geist irgendwie in die Digiwelt gelangt ist und durch den Einfluss böser Digimon böse geworden ist.

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» neuer Feind
» Die alten Feinde sind wieder da!
» FSK 12
» Die Digiritter sind alle ein wenig älter (1. und 2. Generation: + 3 Jahre; Tamer: +2 Jahre; Digi-Krieger: +1 Jahr)